Pochodził z pogranicza Polski i Litwy ze wsi Krakopol w gminie suwalskiej powiat kalwaryjski (dawna gubernia suwalska z siedzibą w Kalwarii na Litwie). Tereny te były zamieszkałe głównie przez Litwinów (52 proc. ludności). Polacy stanowili 23 proc. mieszkańców, a resztę: Niemcy, Białorusini, Rosjanie i Żydzi.

Gustaw urodził się 25 stycznia 1887 r. Dzieciństwo miał trudne, bo Suwalszczyzna była terenem zagrożonym wojną, a w okolicy stacjonował I litewski pułk piechoty z artylerią. Gdy miał 12 lat, rozpoczął naukę w gimnazjum w Mariampolu. Nie udało się ustalić czy przeniosła się tam rodzina, czy sam Gustaw został wysłany na naukę do dużego miasta. Dalsze lata przeżył w Warszawie, gdzie w 1903 r. zamieszkał w seminarium i został przyjęty do klasy III gimnazjum; następnie jako alumn Seminarium Metropolitalnego Warszawskiego studiował teologię. Święcenia kapłańskie otrzymał 30 listopada 1909 r.

Neoprezbiter co trzy miesiące był kierowany jako wikariusz na inną parafię: w Jeżowie (1909-1910), w Młodzieszynie pow. sochaczewski (styczeń – maj 1910), w Łowiczu (maj – październik 1910), w Mokotowie (październik 1910 – wrzesień 1911). Następnie ks. Gustaw był kapelanem w Szpitalu Dzieciątka Jezus w Warszawie (wrzesień 1911 – marzec 1913).

Od jesieni 1913 r. pełnił funkcję proboszcza w parafii Koźle, gdzie było 1738 katolików i 6 rodzin protestanckich. Był tam drewniany kościół pw. św. Szczepana wystawiony w 1753 r. W parafii było 5 szkół, w których proboszcz uczył religii. Tu zastała ks. Witkowskiego zmiana granic diecezji.

Parafia Koźle zaczęła przynależeć do diecezji łódzkiej. W 1922 r. ks. Gustaw otrzymał dekret od nowego bp. Wincentego Tymienieckiego z propozycją objęcia parafii w Dalikowie. Wiadomość, że proboszcz ks. Witkowski odchodzi, bardzo zasmuciła parafian. Gospodarze 20 grudnia 1922 r. wystosowali pismo z własnoręcznymi podpisami do biskupa z prośbą o pozostawienie księdza w parafii, „bo przez 9 lat pracował jako prawdziwy duszpasterz i gorliwy kapłan, zjednał sobie serca nasze”. Jednak było już za późno, gdyż planowanej budowy plebanii w Koźlu podjął się nowy proboszcz ks. Ignacy Świąder.

Od 6 października 1922 ks. Witkowski był proboszczem w parafii św. Mateusza w Dalikowie. Założył tu III Zakon św. Franciszka i Koło Żywego Różańca (5 kół), Bractwo Szkaplerza Świętego, a wśród dzieci Papieskie Dzieło Rozkrzewiania Wiary. Organizował liczne adoracje Najświętszego Sakramentu, angażując w nie Stowarzyszenie Młodzieży Polskiej. W Dalikowie, gdzie było 2260 parafian zamieszkałych w 19 wsiach, proboszcz potrafił zebrać chętnych do chóru kościelnego i zorganizować bibliotekę parafialną. Zapowiedział też w parafii misje święte, które mieli przeprowadzić ojcowie oblaci. Jednak nie zdążył, gdyż bp Tymieniecki zaproponował mu zmianę parafii. W Grabnie w parafii pw. św. Wacława w dekanacie widawskim pracował od października 1930 r. do końca roku 1932 r.

Potem trafił do parafii pw. św. Wawrzyńca w Łobudzicach. Przybył tam 3 stycznia 1933 r. Ucieszył się, że w parafii jest cudowny Obraz Matki Boskiej Pocieszenia i Niebieskiej Lekarki, bo dużo mówił o pobożności maryjnej. Wizytacja parafii przeprowadzona w 1937 r. przez bp. Kazimierza Tomczaka wykazała, że ks. Witkowski zorganizował bądź odnowił grupy religijne: Bractwo św. Wawrzyńca liczyło 220 członków, Żywy Różaniec 210 osób, Krucjata Eucharystyczna założona przez proboszcza w 1936 r. 12, Apostolstwo Modlitwy z trzema stopniami oddania Sercu Jezusowemu 68 osób oraz Stowarzyszenie Katolickie Młodzieży Kobiet i Mężczyzn. Był III Zakon św. Franciszka i Drogi Krzyżowej; proboszcz wprowadził też oddzielną Mszę św. dla dzieci szkolnych.

Od 25 listopada 1933 r. misjonarze oblaci z Poznania przeprowadzili misje święte, w czasie których cała parafia była u spowiedzi (ok. 4400 wiernych). W słuchaniu spowiedzi pomagali księża z Łasku, Buczku i Zelowa. Na tą pamiątkę parafianie postawili krzyż misyjny przy kościele. Z racji Roku Odkupienia (1900. rocznicy) odbyło się w parafii kilka procesji jubileuszowych i nabożeństwa z aktem poświęcenie Sercu Bożemu Chrystusowi Królowi. Ks. Witkowski urządził też w 1935 r. akademię w rocznicę koronacji Ojca św. Piusa XI; zaprenumerował czasopisma religijne dla parafian, zorganizował 15 kółek Żywej Róży i przygotował do bierzmowania 519 osób.

Bp Kazimierz Tomczak zadowolony z parafii w Łobudzicach w protokole z wizytacji napisał: „Stan moralny parafii jest dobry, ludzie garną się do kościoła, do modlitwy, do sakramentów świętych, rozwinęli zmysł społeczny współdziałania z Proboszczem”. Pod datą 25 maja 1937 biskup napisał: „Księdzu Proboszczowi w jego gorliwej i bezinteresownej pracy życzymy nadal błogosławieństwa i łączymy nasze błogosławieństwo pasterskie dla jego parafii”. Tuż przed wybuchem wojny ks. Gustaw założył w parafii Milicję Niepokalanej, a dekret erygowania otrzymał z Rzymu 27 czerwca 1939 r.

Ks. Witkowski został aresztowany 6 października 1941 r. w Łobudzicach. Niemcy zamknęli kościół, urządzili w nim magazyn zboża. Cudowny obraz Matki Boskiej Pocieszenia i Niebieskiej Lekarki ocalał, gdyż był pod zasłoną – zabrano natomiast piękną zabytkową monstrancję, paramenty, naczynia i szaty liturgiczne, a księgi zniszczono. Na plebani zamieszkali Niemcy. Ks. Witkowski został wywieziony z innymi księżmi do Dachau. 11 czerwca 1942 r. został zaliczony do transportu inwalidów.

Kolega obozowy ks. L. Bujacz, który przeżył obóz, o ks. Gustawie dał takie świadectwo: „Ks. Witkowski Gustaw był bardzo pogodny i dużo się modlił sam, i z kolegami. Chętnie spełniał wszystkie ciężary życia obozowego i widział tutaj szkołę dużego uświęcenie się. Zastępował starszych kolegów w odnoszeniu kotłów do kuchni. Miał dużą przyjemność, niosąc pomoc bliźnim. Został wywieziony do komory gazowej”.

10 lipca 1945 r. parafianie łobudziccy napisali do biskupa prośbę o kapłana, bo do sąsiedniej parafii była odległość 7 km. Tymczasowo posługiwał tu ks. Zygmunt Zych, a w 1946 r. proboszczem został mianowany ks. Władysław Homka. Jednak parafianie tęsknili za „swoim proboszczem” i pamięć o nim była ciągle żywa. Powstała myśl urządzenia symbolicznego grobu śp. ks. Witkowskiemu i proszono proboszcza o pomoc.

Dobrą okazją była uroczystość maryjna w parafii. W 1968 r. odnowiono obraz Matki Boskiej Łobudzickiej słynącej łaskami od 300 lat. Ks. Edmund Mirowski, ówczesny proboszcz, przygotował uroczystość do konsekracji, która odbyła się 5 marca 1968 r. Przewodniczył jej bp Jan Kulik. Tego samego dnia po południu urządzono nabożeństwo żałobne w intencji ks. Gustawa Witkowskiego, który był tu proboszczem w latach 1933-1941. „Był on wielkim czcicielem Łobudzickiej Pani i idąc do komory gazowej odmawiał Różaniec i błogosławił swojej parafii” – takie świadectwo dał brat Kornel, franciszkanin z Niepokalanowa, współwięzień Dachau, który przeżył.

Odprawiono egzekwie w kościele przy katafalku, na którym stała trumienka z prochami pomordowanych w Auschwitz (wykonana przez Władysława Frąckiewicza). Później procesja żałobna przeszła na cmentarz. Trumienkę z prochami pochowano w symbolicznym grobie śp. proboszcza ks. Gustawa Witkowskiego. Przekonani o świętości swojego proboszcza parafianie w Łobudzicach ufundowali w kościele płytę pamiątkową z wezwaniem: „Śp. Ks. Gustaw Witkowski – Proboszcz Parafii Łobudzice 1933-1941 – Zamęczony w Dachau 10.06.1942”.