Abp Michalik urodził się 20 kwietnia 1941 r. w Zambrowie (w diecezji łomżyńskiej). Podpowiadano mu studiowanie medycyny albo filologii rosyjskiej, choć jego samego bardziej pociągała filologia polska. Po zdaniu matury w 1958 r. zdecydował się jednak wstąpić do Wyższego Seminarium Duchownego w Łomży.

W wywiadzie-rzece pt. „Kochać Boga, rozumieć człowieka” abp Michalik wspomina w rozmowie z Elżbietą Olejnik, że wpływ na jego decyzję miał ksiądz, który uczył go religii w szkole. „Konfrontacja moich myśli z tymi ideałami, które mi przedstawiano w seminarium, napełniała mnie - nie ukrywam - przez pierwsze lata wielkim stresem, zawsze jednak wiedziałem, że tu jest moje miejsce” – przyznał po latach metropolita przemyski.

Święcenia kapłańskie przyjął w Łomży 23 maja 1964 r. z rąk ówczesnego biskupa łomżyńskiego Czesława Falkowskiego. Na motto posługi kapłańskiej wybrał wówczas słowa: „Z ludu wzięty, dla ludu ustanowiony”. Przez rok pracował w Jelonkach koło Ostrowi Mazowieckiej. W latach 1965-1969 abp Michalik studiował teologię dogmatyczną na Wydziale Teologicznym Akademii Teologii Katolickiej. Studia kontynuował na Papieskim Uniwersytecie św. Tomasza „Angelicum” w Rzymie. Uwieńczył je doktoratem w 1973 r.

Pobyt w Wiecznym Mieście był nie tylko czasem pracy naukowej. Była to również wielka szkoła Kościoła powszechnego, a także możliwość poznania wielu wspaniałych osobistości, jak profesor Karl Rahner, Joseph Ratzinger, Yves Congar, którzy przyjeżdżali z wykładami do Rzymu. Miał dość częsty kontakt z kardynałem Karolem Wojtyłą, który zatrzymywał się w Kolegium Polskim podczas pobytu w Rzymie, z Prymasem Stefanem Wyszyńskim, a także z Papieżem - podczas nabożeństw i wydarzeń kościelnych.

Po powrocie do kraju był wykładowcą w łomżyńskim seminarium duchownym i wicekanclerzem kurii. W 1978 roku biskup łomżyński Mikołaj Sasinowski po powrocie z Watykanu, gdzie przebywał z wizytą „ad limina", zaproponował ks. Michalikowi wyjazd do Rzymu do pracy w Papieskiej Radzie ds. Świeckich. Ponieważ jego przyjazd do Rzymu zbiegł się z vacatem stanowiska rektora w Papieskim Kolegium Polskim, prymas Polski kard. Wyszyński mianował go na tę funkcję. Ks. Michalik kierował pracami Biura ds. Młodzieży brał czynny udział m.in. przy organizacji I Światowych Dni Młodzieży w Rzymie.

1 października 1986 r. Jan Paweł II mianował go ordynariuszem gorzowskim. Sakrę biskupią przyjął z rąk papieża 16 października 1986 r. w bazylice św. Piotra w Rzymie. Za swoje motto biskupie obrał sobie łacińską sentencję „Numine Tuo Domine” („Mocą Twoją Panie”). 17 kwietnia 1993 r. Jan Paweł II mianował go metropolitą przemyskim i ten urząd abp Michalik pełni do dziś.

19 marca 2004 r. został wybrany przez biskupów przewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski – pierwszym pochodzącym z wyboru, bowiem wcześniej funkcja ta była sprawowana przez prymasa Polski. Wcześniej przez 5 lat abp Michalik był wiceprzewodniczącym Episkopatu, kiedy na czele Konferencji stał prymas Polski kard. Józef Glemp. „Swoją rolę jako przewodniczącego Konferencji Episkopatu widzę jako tego spośród biskupów, który przede wszystkim służy innym biskupom” – mówił tuż po wyborze 19 marca 2004 roku. Podkreślał, że jest to typowa funkcja służebna, z którą łączy się bardzo niewielka władza, ale za to dużo obowiązków.

„Nie wyznaczam żadnego programu, bo stworzy go historia, czas i ludzie” – te słowa kard. Wyszyńskiego przywołał na początku swej posługi. W wywiadzie dla KAI powiedział, że najważniejszym wyzwaniem stojącym przed Kościołem i Polakami jest według niego jedność. Jak zaznaczał sam chce być bardziej łącznikiem między ludźmi czy w rozwiązywaniu problemów. „Muszę mieć dystans do siebie, liczyć na pomoc Boga i ludzi" – mówił. Podczas zebrania plenarnego KEP 10 i 11 marca 2009 r. abp Michalik został wybrany na kolejną 5-letnią kadencję.

Czas jego posługi jako przewodniczącego Episkopatu Polski był naznaczony staraniami, aby – mimo zaszłości historycznych oraz różnic kulturowych i wyznaniowych – prowadzić braterskie relacje z sąsiednimi narodami i ich Kościołami.

W 2005 r. wraz ze zwierzchnikiem Ukraińskiej Cerkwi Greckokatolickiej kard. Lubomyrem Huzarem, na placu Piłsudskiego w Warszawie poprowadził wspólną modlitwę o pojednanie polsko-ukraińskie. W 2006 r. wraz z kard. Karlem Lehmanem podpisał „Wspólne Oświadczenie Konferencji Episkopatu Polski i Niemiec z okazji 40. rocznicy wymiany listów między oboma episkopatami w roku 1965”.

17 sierpnia 2012 r. wraz z patriarchą Cyrylem I abp Józef Michalik podpisał „Wspólne Przesłanie do Narodów Polski i Rosji”. Niedługo przed tym wydarzeniem metropolita przemyski powiedział KAI, że zarówno pojednanie z Niemcami jak i z Rosjanami to inicjatywy zrodzone z Ewangelii. „Może niekiedy nieudolnie, ale staramy się być posłuszni Słowu Bożemu, nie powinniśmy odrzucać nawet delikatnego tchnienia Ducha Świętego. W liście do biskupów niemieckich ono było, co pokazała historia. Dziś jesteśmy w lepszej sytuacji, bo wiemy, że trzeba niekiedy iść drogami, którymi dotąd nie szedł nikt. Najważniejsze, by dokonywało się to w duchu prawdy, własnej godności i w posłuszeństwie wobec Słowa Bożego”.

Niespełna rok później 28 czerwca 2013 r. w Warszawie doszło do podpisania deklaracji Kościołów rzymsko- i greckokatolickiego w Polsce i na Ukrainie z okazji 70. rocznicy zbrodni wołyńskiej. Podczas uroczystości podpisania deklaracji abp Michalik powiedział: „Nie zamierzaliśmy i nie chcemy aspirować do dokonywania aktów politycznych, bo nie polityka jest polem naszej służby, chociaż staramy się Ewangelię Chrystusa przykładać do każdego wymiaru rzeczywistości, w której żyjemy. I nie będzie zarozumiałością jeśli powiem, że Ewangelię chcemy przyłożyć także na bolesne, ciągle krwawiące w ludzkich umysłach i sercach rany, dotyczące historii relacji naszych narodów, będąc dziećmi dziedzictwa Polski i Ukrainy”.

W lutym 2013 r. abp Michalik otrzymał tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie. Został uhonorowany przez uczelnię za „wybitne osiągnięcia, służbę prawdzie, bogactwo posługi pasterskiej, wkład w pojednanie między narodami”. W laudacji podkreślano, że jest on niezwykle otwarty na świeckich oraz niezwykle gorliwym ewangelizatorem, który wielokrotnie zabierał głos w sprawach społecznych, narodowych, politycznych.

Zdaniem byłego przewodniczącego Episkopatu Polski, „pierwszym i podstawowym wyzwaniem współczesnego świata jest wołanie o obecność Boga w naszym życiu. Wszystko inne jest ważne, ale drugorzędne”. – Nasz udział w życiu publicznym, w debatach społecznych, kulturowych, charytatywnych czy politycznych płynie z głębi naszej chrześcijańskiej wiary w Boga – wyjaśniał. Jego zdaniem „prawdziwa obecność Kościoła w społeczeństwie nie wyraża się poprzez spektakularne wystąpienia ani przez jakieś szczególne strategie, ale przez zwyczajną, codzienną posługę parafii, wspólnot, poprzez otwarcie wobec szukających, formację, dialog i świadectwo życia”. Niejednokrotnie zaznaczał, że Kościół w Polsce nie chce przejmować władzy świeckiej ani wchodzić w jej kompetencje, ale nie może zrezygnować z mówienia o tym, co uważa w dzisiejszej rzeczywistości za niegodne i nie do zniesienia dla godności człowieka.

W swojej pracy duszpasterskiej w archidiecezji przemyskiej abp Michalik szczególny nacisk kładł na rozwój Akcji Katolickiej. Uczestniczył też w różnego rodzaju spotkaniach z młodzieżą, m.in. codziennie przewodniczy nabożeństwom podczas trzydniowego Spotkania Młodych Archidiecezji Przemyskiej. Bierze udział w wieczerzach wigilijnych i śniadaniach wielkanocnych z samotnymi i ubogimi, a Wigilię co roku spędza w schronisku dla bezdomnych im. św. Brata Alberta.

Były metropolita przemyski jest konsultorem Papieskiej Rady ds. Świeckich oraz członkiem Kongregacji ds. Biskupów. Był również wiceprzewodniczącym Rady Konferencji Biskupich Europy (CCEE) a w przeszłości pełnił też funkcję przewodniczącego Komisji ds. Świeckich tego gremium.