Historia kolegiaty nie zawsze przedstawiała się różowo. W czasie wojny 30-letniej (1618-1648) złupiły ją wojska szwedzko-brandenburskie, stacjonujące na Ostrowie Tumskim w latach 1632-1635.
Zrabowano m.in. dzwony. W kościele górnym były nabożeństwa protestanckie, a dolny zamieniono w stajnię dla koni.
W latach 1806-1807, podczas oblężenia Wrocławia przez wojska napoleońskie, kościół dolny przez wiele tygodni służył jako schron okolicznej ludności. Jego remont przeprowadzono dopiero w 1911 r., a do kultu przywrócono go w 1924 r. Latem odprawiano Msze św. w kościele górnym, a zimą w dolnym. Podczas oblężenia Festung Breslau bomby zniszczyły m.in. odnowiony krótko przed wojną kosztem 100 tys. marek dach. Zginęła bezpowrotnie duża część wyposażenia. Zniszczenia sięgały 25 procent. Odbudowę rozpoczęto w 1947 r. Kościół dolny oddano w użytkowanie parafii grekokatolickiej. W 1997 r. przystosowano go do wymogów katolickiej liturgii posoborowej, gdyż unici przenieśli się do kościoła pw. św. Wincentego.

Kasata i restytucja kapituły

Władze pruskie skasowały kapitułę Świętego Krzyża 19 listopada 1810 r. Dwa lata później przekazano kolegiatę kapitule katedralnej. Stała się ona kościołem patronackim parafii katedralnej. Przez ponad sto lat kościół górny pełnił potem funkcję świątyni garnizonowej i polskiej - do 1912 r., gdy nabożeństwa polskie przeniesiono do kościółka św. Marcina. 1 stycznia 1925 r. przy kolegiacie ustanowiono samodzielną parafię. Obecnie obsługiwana jest ona przez parafię katedralną.
Kapituła katedralna reaktywowana została 14 września 1988 r., w 700. rocznicę jej powołania. Dekret o restytucji wydał kard. Henryk Gulbinowicz, który mianował grono 14 kanoników gremialnych, 12 honorowych i 13 honorowych extra numerum. Tytuły mają charakter czysto honorowy, gdyż kapituła nie posiada już majątku. Celem kapituły jest szerzenie kultu Krzyża Świętego, znaku zbawienia. Instalacja kanoników, czyli uroczyste wprowadzenie na urząd poprzez przejęcie przez nich stalli i ołtarza w obecności całej kapituły, odbyła się 14 września 1999 r. Prepozytem kapituły został ks. inf. Adam Drwięga, proboszcz parafii katedralnej.

Wnętrze, wieże i wymiary kolegiaty

Zgodnie z intencją księcia Henryka IV, a następnie biskupa Nankera, kolegiata otrzymała wyjątkowo bogaty i czytelny program ideowy. Bryła kościoła ma formę krzyża, co związane jest z jego wezwaniem. Pomnikowa jest też wysokość kolegiaty.
Zarówno kościół górny, jak i dolny mają układ halowy. Kościół dolny zwany kryptą jest trzynawowy, założony na planie krzyża z transeptem, czyli nawą poprzeczną, usytuowaną pomiędzy korpusem nawowym a prezbiterium. Kościół górny składa się z wydłużonego prezbiterium, transeptu oraz trójnawowej krótkiej hali korpusu głównego. Założenia kościoła dolnego i górnego są więc analogiczne, górny przewyższa dolny tylko smukłością proporcji.
Niezwykle smukły jest zresztą cały kościół - liczy 18,5 metra wysokości, ma 58,5 m długości i 26,6 m szerokości. Wieże usytuowane po dwóch stronach transeptu pełnią funkcję dzwonnic, w których są schody łączące obie kondygnacje kościoła. Budując wieże baczono, by nie były one wyższe od katedralnych, zachowując hierarchię ważności. Początkowo zostawiono je niedokończone. Wieża południowa jest znacznie wyższa od północnej. Nigdy jej nie ukończono. Wieża południowa otrzymała ostrosłupowy hełm w 1484 r. Ma 26 metrów wysokości, licząc od gałki zwieńczenia do poziomu tarasu otoczonego kamienną balustradą tarasu.