Już na fasadzie kościoła Ojców Franciszkanów w Przemyślu znajdują się dwa napisy łacińskie: „Domine de Tuis donis offerimus Tibi” (Panie z Twoich darów składamy Tobie w ofierze) i drugi napis: „In honorem B. M. Immaculatae” (Na cześć Najświętszej Maryi Panny Niepokalanej).
Wchodząc do kościoła ukazują się we wnękach filarowych dwa freski, których pouczenia są szczególnie ważne. W filarze z prawej strony fresk Pana Jezusa w cierniowej koronie z napisem: „Wizerunek Pana Jezusa Miłosiernego cudami słynącego z Zamiechowskiej kaplicy przeniesionego dnia 12 września 1770 r.”. Po prawej stronie przedstawienie Niepokalanej z naszego kościoła z napisem: „Wizerunek Obrazu Niepokalanie Poczętej Najświętszej Maryi Panny cudami wielkimi słynący. Koronowany w roku 1777 dnia 8 września”.
Całe wnętrze kościoła Ojców Franciszkanów w Przemyślu pokryte jest licznymi malowidłami, znajdującymi się na sklepieniu i ścianach. Duże freski znajdujące się na ścianach są podpisane po łacinie lub po polsku.
Oprócz owych malowideł ściennych znajdują się w prezbiterium dwa duże obrazy olejne malowane na płótnie. Wybitny lwowski artysta Stanisław Stroiński na obrazach o wymiarach 300 x 280 cm przedstawia biskupa przemyskiego Wacława Hieronima Sierakowskiego oraz imaginacyjny portret franciszkanina Henryka Moro, pierwszego biskupa przemyskiego w latach 1371-1391.
Pod portretem bp. Sierakowskiego, który rządził diecezją w latach 1742-1770, znajduje się najdłuższy z wszystkich łacińskich napisów naszego kościoła składający się z ponad 300 wyrazów. W tekście sławione są: zdolności Księdza Biskupa, koleje jego życia, na jakich stolicach zasiadał, czym się odznaczał. Przemyscy franciszkanie mieli w nim szczególnego dobrodzieja. On też poświęcił kamień węgielny pod budujący się kościół 26 maja 1754 r., a podczas budowy składał duże ofiary i przyczynił się do ozdoby kościoła, gdy został arcybiskupem we Lwowie.
Naprzeciw portretu bp. Sierakowskiego znajduje się imaginowany obraz malowany na płótnie, franciszkanina Henryka Mora, misjonarza, biskupa, wielce zasłużonego dla przemyskich franciszkanów.
Dwa kolejne obrazy olejne, o wymiarach 200 x 135 cm z ok. 1770 r. przedstawiają: Pierwszy - szlachcica w pełnej zbroi Sebastiana Morskiego z napisem w języku polskim: „Wielmożny Pan Sebastian Morski..., który z śmiertelnej choroby przyszedłszy do życia w roku 1762 opuszczony przez lekarzy za przyczyną Matki Bożej z tego Obrazu. Jako dziękczynienie za otrzymane zdrowie od papieża Klemensa /VIII/ wyjednał korony w roku 1765”. Na drugim olejnym obrazie jest przedstawiony Wawrzyniec Morski, wielki dobrodziej Matki Bożej, zmarły 1767 r.
Wysoko znajdują się dwa freski związane z kultem cudownego Obrazu, z ciekawymi napisami po polsku: „W roku 1659 dnia 25 czerwca o godzinie 10.00 przed południem podczas Rewolucyi w całej Koronie Polskiej, Litwie i na Rusi, ten Obraz Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny z Dzieciątkiem Pana Jezusa, zacząwszy się mienić w różne kolory: jasno, śniady, czarno, wtenczas, kaleka czołgająca się na szczudłach do zdrowia przyszedłszy i innych wielu w różnych chorobach wielu łask doznało”.
Inny cud za wstawiennictwem Matki Bożej Niepokalanej przedstawiony jest na fresku z podpisem informacyjnym: „W 1659 r. w czasie nieszporów w oktawie Bożego Ciała lud udający się do Najświętszej Maryi Panny doznawał wielu łask a Pan Jezus odwrócił się od Niej do modlącego się ludu”.
Freski znajdujące się pod chórem przedstawiają zdarzenia historyczne.
W prawej nawie bocznej scena śmierci zakonników franciszkańskich, zamordowanych przez Wołochów w czasie napadu na Przemyśl. Pięciu franciszkanów zostało zabitych 20 lipca 1495 r.
W lewej nawie bocznej są dwa duże freski z ok. 1778 r. Nad wejściem na chór duży fresk z dwoma napisami. Łacińskim z Księgi Machabejskiej 15, 14: „To jest przyjaciel naszych braci, który wiele modli się za naród i całe święte miasto”. A u dołu po polsku: „Roku Pańskiego 1657 w samym upale ciężkiego oblężenia miasta Przemyśla od Jerzego Rakoczego, za wyniesieniem relikwii św. Wincentego męczennika, Patrona, nieprzyjaciele jako piorunem przestraszeni byli i musieli uciekać...”.
Inny fresk w tej samej nawie pod oknem przedstawia scenę ofiarowania Pana Jezusa Miłosiernego „Ecce Homo”, Grzegorzowi Ostrowskiemu, budowniczemu kościoła.
W nawie głównej pod chórem znajdują się dwa duże (330 na 230 cm) malowidła przedstawiające dobrodziejów kościoła franciszkańskiego: biskupa lwowskiego z ok. 1778 r., a po drugiej stronie portret Adama Stadnickiego, wojewody bełskiego, starosty przemyskiego, dobrodzieja kościoła, którego ciało złożono w kaplicy św. Anny razem z małżonką Anną zmarłą 1612 r.
W kruchcie kościoła znajduje się portret imaginowany przemyskiego kowala Andrzeja Serena, który według tradycji odstąpił franciszkanom grunt pod budowę kościoła i klasztoru, za co przez nieprzyjaciół został otruty w 60. roku życia.
Bardzo ciekawy fresk znajduje się na ścianie chórowej za organami. Przedstawia on zamyślonego o. Grzegorza Ostrowskiego, jakby we śnie. O. Grzegorz, budowniczy kościoła martwił się, jak to dzieło doprowadzić do końca i zasnął przy stole. Wtedy ukazała mu się we śnie Matka Boża i powiedziała do niego: „Inter septem invenies spem” (W siódemkach spełni się twoja nadzieja). I rzeczywiście spełniła się jego nadzieja, bo cudowny obraz Matki Bożej Niepokalanej został koronowany 8 września 1777 r., nie w kościele, ale na przemyskich błoniach, które w owym czasie znajdowały się w miejscu, gdzie dziś są dworce PKP oraz PKS i inne budynki.
Zaufajmy Matce Bożej we wszystkich naszych trudnych sprawach, a zostaną spełnione i nasze prośby zanoszone do Jej stóp.