Roger Etchegaray urodził się 25 września 1922 r. w Espelette - małej miejscowości w Pirenejach Atlantyckich, w baskijskiej rodzinie technika rolnego. Wychowywany w tradycji chrześcijańskiej od wczesnych lat czuł w sobie powołanie do kapłaństwa, toteż wstąpił najpierw do niższego seminarium w Ustarritz, a po jego ukończeniu - do wyższego seminarium diecezjalnego w Bajonnie; kształcił się też w seminarium francuskim w Rzymie, po którego ukończeniu przyjął 13 lipca 1947 r. święcenia kapłańskie. Studiował następnie na Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie, uzyskując na nim doktorat z prawa kanonicznego. Tuż po święceniach pracował krótko jako duszpasterz w swej rodzinnej diecezji, po czym w 1949 r. ówczesny biskup Bajonny - Léon Terrier mianował go swym sekretarzem osobistym. Pięć lat później został sekretarzem generalnym Akcji Katolickiej w diecezji Bajonne, a po dalszych dwóch latach otrzymał godność kanonika honorowego.