Już w średniowieczu mieszkańcy Jarantowic i okolic gromadzili się na Eucharystii w świątyni, która w tej miejscowości przetrwała do połowy XV wieku. Dziś nie ma już po niej śladu. W późniejszym okresie, po wojnach i zarazie, wieś wyludniła się. Po pewnym czasie znów zatętniła życiem za sprawą przybyłych tu osadników, którzy założyli ewangelicką gminę. Pod koniec XVII wieku zbudowano szkołę i dom modlitwy (zapewne obecny kościół), który pierwotnie nie posiadał wieży. Można sądzić, że została ona dobudowana po pierwszym rozbiorze Polski. Świątynię zbudowano z ciosanych ręcznie drewnianych bali i pokryto strzechą z trzciny. Niewidoczna z zewnątrz konstrukcja dachu jest, zdaniem specjalistów, unikatowa. Kościół do 1945 r. pełnił funkcję zboru ewangelickiego. Po II wojnie światowej obiekt wykorzystywano do magazynowania płodów rolnych, a później przeznaczono na salę gimnastyczną dla potrzeb pobliskiej szkoły. W 1956 r. świątynia znalazła się w wojewódzkim rejestrze zabytków.
Po zmianach ustrojowych w 1989 r. świątynię przekazano parafii w Wąbrzeźnie z przeznaczeniem na kościół filialny. Proboszczem wąbrzeskim był wówczas ks. Stanisław Filarski. 28 października 1989 r. kościół został poświęcony przez bp. Mariana Przykuckiego, otrzymując za patrona św. Maksymiliana Kolbego.
Z powodu ogromnych ubytków i zniszczeń, mimo corocznych zabiegów remontowych, stan świątyni nie mógł być zadowalający. Zniszczone podwaliny i oczep węgła, znaczne pochylenie jednej ze ścian - to tylko niektóre z przyczyn mogących z czasem doprowadzić obiekt do ruiny.
W 1992 r. obowiązki proboszcza wąbrzeskiej parafii powierzono ks. Janowi Kalinowskiemu. Rozpoczęto starania o kapitalny remont jarantowickiej świątyni. W 1993 r. Ksiądz Proboszcz zlecił Fundacji Ochrony Zabytków w Warszawie opracowanie opinii mykologiczno-budowlanej. W opracowaniu tym znalazł się skomplikowany opis zabiegów, jakie należało podjąć, by móc uratować świątynię. Uniesienie całego kościoła na znaczną wysokość w celu ułożenia nowych podwalin, wymiana poszycia dachowego i wiele innych zabiegów z powodu wysokich kosztów całej operacji wydawały się nie do zrealizowania. Mimo to w 2003 r. ks. Kalinowski polecił opracowanie projektu budowlanego konserwacji i remontu kościoła, kierując się wskazaniami Diecezjalnego Konserwatora i Wojewódzkiego Urzędu Ochrony Zabytków. Równolegle podjęte starania o pozyskanie środków z budżetu Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego przyniosły pozytywny skutek, chociaż nie od razu.
Od tego momentu ruszyła machina proceduralna, etap bardzo trudny do pokonania, i walka z czasem, który był nieubłaganym przeciwnikiem przedsięwzięcia. Parafianie wraz ze swoim Duszpasterzem upraszali wstawiennictwa św. Maksymiliana Kolbego, który stawiał przed sobą jeszcze trudniejsze zadania. Z Bożą pomocą, dzięki korzystnej pogodzie oraz wielu ofiarnym i życzliwym współpracownikom rozpoczęte dzieło pomyślnie zakończono.
Gruntownie odrestaurowany kościół został poświęcony i oficjalnie przekazany do ponownego użytkowania 12 października 2006 r. podczas uroczystej Mszy św., sprawowanej przez pasterza diecezji toruńskiej bp. Andrzeja Suskiego. Słów homilii, które nawiązywały do duchowych wartości człowieka, wysłuchali wierni oraz wielu szacownych gości. Przy tej szczególnej okazji Ksiądz Proboszcz serdecznie dziękował Księdzu Biskupowi za okazywaną troskę o jarantowicką świątynię oraz za przybycie ze słowem i błogosławieństwem na uroczystość. Witając kolejnych gości, nie szczędził słów podziękowania pod adresem tych, którzy przyczynili się do realizacji i pomyślnego zakończenia inwestycji. Wśród nich wyróżniony został inż. Krzysztof Sumeracki z Wąbrzeźna. „Jestem przekonany, że dzisiejsza uroczystość otwiera nowy etap w dziejach tego kościoła. Mam nadzieję, że jest ona początkiem swoistej witalizacji tej wyjątkowej świątyni” - tymi słowami Ksiądz Proboszcz zakończył swoje przemówienie.
Po Mszy św. przybyłych zaproszono na poczęstunek, który przygotowano z pomocą Gminy Wąbrzeźno i mieszkańców Jarantowic. W miejscowej szkole można było zwiedzić okolicznościową wystawę oraz obejrzeć prezentację multimedialną o historii i najnowszych dziejach kościoła w Jarantowicach.

Kościół pw. św. Maksymiliana Marii Kolbego w Jarantowicach jest kościołem filialnym parafii Świętych Apostołów Szymona i Judy Tadeusza w Wąbrzeźnie.
W każdą niedzielę i święta nakazane odprawiana jest tu Msza św. o godz. 13.45.