Po rezygnacji abp. Stanisława Wielgusa kard. Józef Glemp został administratorem archidiecezji warszawskiej. Oznacza to, że Ksiądz Prymas będzie nadal sprawował rządy nad Kościołem warszawskim - do czasu podjęcia dalszych decyzji przez Stolicę Apostolską.
W archikatedrze św. Jana do ostatniej chwili trwały przygotowania do ingresu nowego metropolity, ale już od rana w kościelnych kuluarach mówiło się, że abp Wielgus złoży rezygnację i ingresu nie będzie. Tak też się stało.
W niedzielę 7 stycznia o godz. 11 Mszy św. przewodniczył prymas Polski kard. Józef Glemp - według formularza niedzieli Chrztu Pańskiego.
Na początku Eucharystii abp Wielgus poinformował wiernych, że złożył na ręce Ojca Świętego Benedykta XVI rezygnację z funkcji metropolity warszawskiego. Następnie bp Marian Duś odczytał komunikat Nuncjatury Apostolskiej o przyjęciu przez Papieża rezygnacji abp. Wielgusa.
W homilii Prymas Polski kard. Józef Glemp przywołał postać sługi Bożego, opisywanego w Ewangelii na niedzielę Chrztu Pańskiego, oraz byłych arcybiskupów warszawskich spoczywających w podziemiach katedry. Kard. Glemp podkreślił, że służby komunistycznego państwa zainteresowały się abp. Wielgusem, bo był gorliwym kapłanem, „kochał naukę i robił w niej wielkie postępy”. Prymas przypomniał, że SB było ogromną organizacją, wyspecjalizowaną w penetrowaniu społeczeństwa - a w szczególny sposób duchowieństwa - o której działalności wciąż wiemy zbyt mało.
- Dzisiaj dokonał się nad abp. Wielgusem sąd. Cóż to za sąd? Na podstawie świstków, dokumentów trzeci raz odbijanych. My nie chcemy takich sądów! Jeżeli przeciw osobie ma się konkretne zarzuty, to trzeba je sformułować, a osoba ta musi się do nich ustosunkować. Nadto muszą wystąpić obrońcy, muszą być świadkowie. Wszystkiego tego w tym sądzie abp. Wielgusa zabrakło. To nie był sąd - mówił kard. Glemp. Przerywały mu kilkakrotnie burzliwe brawa.
Prymas zaznaczył, że trudno dziś z całą powagą myśleć o IPN, który jest wyrocznią i źródłem informacji. Stwierdził, że kryterium kościelne co do kwalifikacji sługi Bożego nie opiera się tylko na jego kryształowej przeszłości. - Przeszłość jest także domeną Pana Boga, którą On może żałującemu przebaczyć. Jesteśmy jako kapłani z ludu wzięci i na nas odbija się to, co na ludziach. Mamy służyć ludowi przez Chrystusa. Stąd nasze usilne przylgnięcie do Niego w chwilach trudnych - mówił Prymas.
Przed katedrą św. Jana zgromadził się tłum ludzi. Emocje sięgały zenitu, ludzie krzyczeli na dziennikarzy. Wznoszono m.in. okrzyki: „Najemnicy”, „Media kłamią” i „Chcemy Wielgusa”. Niektórzy byli zdezorientowani, nie bardzo wiedzieli, jak należy rozumieć zaistniałą sytuację. Część z nich pikietowała pod katedrą i Pałacem Prymasowskim jeszcze po zakończeniu Mszy św. - co wywołało zdziwienie u wielu komentatorów, podkreślających, że wszyscy wierni powinni uszanować decyzję Ojca Świętego.
Pod Pałacem Prymasowskim na ul. Miodowej ludzie trzymali flagi w barwach narodowych, emblematy Radia Maryja, duży portret kard. Stefana Wyszyńskiego oraz transparenty. Wznoszono okrzyki: „Chcemy biskupa, chcemy Wielgusa” oraz „Chcemy polskich mediów”.
Także gdy arcybiskup składał rezygnację, w katedrze padały okrzyki: „hańba”, „zostań z nami”. - Abp Wielgus zostaje z nami we wspólnocie Kościoła - tłumaczy Marcin Przeciszewski, szef KAI. - Trzeba uszanować decyzję Stolicy Apostolskiej. Spora część ludzi wyrażała też radość, że zwyciężyła prawda, a Kościół na nowo odzyskał wiarygodność i autorytet.
W katedrze byli obecni m.in.: przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski abp Józef Michalik, jego zastępca abp Stanisław Gądecki, metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz, biskupi wchodzący w skład Rady Stałej KEP. Obecny był także prezydent RP Lech Kaczyński wraz z małżonką, przedstawiciele rządu i władz samorządowych.
Dwa dni wcześniej, 5 stycznia, abp Wielgus, w obecności Kolegium Konsultorów, objął kanonicznie archidiecezję warszawską.