Salezjanie przybyli do Przemyśla 26 lipca 1907 r. z Oświęcimia, zaproszeni przez bp. Józefa Sebastiana Pelczara. Realizując przesłanie założyciela św. Jana Bosko zajęli się opuszczoną młodzieżą. Wybudowali w 1911 r. oratorium a później internat. Zajmowali się wychowaniem młodzieży z trudnych rodzin. Prowadzili zakład wychowawczy „Dom Opieki św. Józefa”, w którym znalazło również schronienie wiele sierot wojennych i mogło nauczyć się zawodu krawieckiego i szewskiego. W 1916 r. dzięki staraniom ks. Antoniego Hlonda (Chlondowskiego) powstała Szkoła Organistowska zlikwidowana przez władze PRL w 1963 r. W 1927 r. bp Anatol Nowak erygował parafię św. Józefa, która wówczas obejmowała Zasanie, Lipowicę, Kunikowce i Ostrów. W tej parafii urodził się w 1933 r. bp Adam Śmigielski, obecnie ordynariusz sosnowiecki. Tu przeżywał dzieciństwo w trudnym okresie wojny i w niełatwym okresie powojennym dojrzewał do swojego powołania zaczynając swoją służbę Kościołowi od ministrantury. Parafianie z radością uczcili 50-lecie jego kapłaństwa.
Pierwszym przełożonym salezjańskim był ks. dr August Hlond, późniejszy kardynał i prymas Polski, Sługa Boży. Inni pracujący tu niegdyś kapłani, kandydaci na ołtarze, podniesieni do godności Sług Bożych to ks. Jan Świerc i ks. Jan Mroczek, którzy zginęli w Auschwitz oraz ks. Rudolf Komorek, misjonarz w Brazylii.
W kościele salezjańskim znajdują się relikwie bł. Augusta Czartoryskiego kapłana i salezjanina (1858-93).
Na przestrzeni lat Salezjanie zmagali się z przeciwnościami, jakie niosły zmiany ustrojowe. Po 1981 r. wznowiono wystawianie Jasełek Salezjańskich i Misterium Męki Pańskiej zabronionych w 1953 r. przez władze PRL. Obecnie działa orkiestra młodzieżowa, chór, schole dziewczęce oraz Stowarzyszenie Salezjańskiej Organizacji Młodzieżowej Salos „Orlęta”. Salezjanie między innymi patronują Międzynarodowemu Festiwalowi „Salezjańskie lato”. W 2001 r. powstało tu Gimnazjum, a w bieżącym roku otwarto Liceum Ogólnokształcące. Starają się o realizację projektów rozbudowy bazy szkoły i zaplecza sportowego.
Uroczystości jubileuszowe 100-lecia pracy Salezjanów w Przemyślu i 80-lecia konsekracji kościoła pw. św. Józefa przypadły na wrzesień i październik minionego roku. Między innymi w ich ramach odbyło się spotkanie bp. Adama Śmigielskiego z ministrantami, a także sympozjum poświęcone historii oraz pedagogice pracy salezjanów w Przemyślu. Parafię nawiedziły Relikwie św. Dominika Savio patrona dzieci i młodzieży, ministrantów, matek w ciąży oraz małżeństw starających się o potomstwo. Odbyła się uroczysta Msza św. jubileuszowa, której przewodniczył bp Adam Śmigielski modląc się za 83 księży pracujących tu niegdyś i obecnie oraz 88 zmarłych księży, a homilię wygłosił abp Józef Michalik ordynariusz przemyski.
Odnowa świątyni wewnątrz i na zewnątrz jest i na długo pozostanie materialnym znakiem jubileuszu. „Wewnątrz kościoła wymieniliśmy wszystkie okna i została poddana renowacji cała kamieniarka z pięknymi maswerkami. Zostały zakończone prace przy renowacji frontu i dolnej części wieży kościoła. Zostały założone lampy pod sufitem i wymienione oświetlenie w całym prezbiterium - mówi proboszcz parafii ks. Kazimierz Skałka. Została przywrócona pierwotna polichromia Ceradiniego (włoskiego malarza) w prezbiterium i nawie głównej kościoła. Dzięki ofiarności parafian trwa renowacja stacji drogi krzyżowej. W roku bieżącym planowana jest renowacja w nawach bocznych, kruchtach kościelnych, kaplicy św. Jana Bosko i zakrystii”.
Postęp w odnowieniu świątyni jest możliwy dzięki ofiarności parafian i zapobiegliwości proboszcza sięgającego po dotacje do Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Departamentu Konserwacji Zabytków, jak i do Podkarpackiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków. Przywrócone piękno tej świątyni na długo będzie przypominać wiernym o minionym Jubileuszu i wrażliwym na sztukę gospodarzu, który pragnie wyrazić wdzięczność za ofiarność i modlitwę wszystkim wspierającym go w pracy a w szczególności parafianom.