W drodze do Sanktuarium Bożego Miłosierdzia 27 maja papieski samochód na chwilę zatrzymał się na przejeździe kolejowym w Łagiewnikach. Ojciec Święty Benedykt XVI pobłogosławił oczekujący na stacji „papieski pociąg”, który 31 maja 2006 r. rozpoczyna stałe kursy na trasie: Kraków - Kalwaria Zebrzydowska - Wadowice, łącząc w ten sposób Sanktuarium Bożego Miłosierdzia z Sanktuarium w Kalwarii Zebrzydowskiej i z rodzinnym miastem Jana Pawła II.
„Papieski pociąg” to szynobus typu WE14 na dwieście osób, pomalowany w barwy papieskie, o aerodynamicznym kształcie, z pełnym monitoringiem wnętrza, klimatyzacją, windą i miejscami dla osób niepełnosprawnych, z telewizorami i tablicami informacyjnymi dla pielgrzymów. Skład został wyprodukowany w nowosądeckim Newag-u. Idea uruchomienia takiego połączenia zrodziła się w środowisku Katolickiego Stowarzyszenia Kolejarzy podczas ubiegłorocznej pielgrzymki kolejarzy do Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach.

Ekipa Studia Telewizyjnego „Niedzieli” przygotowała materiał z poświęcenia pociągu, który był emitowany 28 maja w TVP. Patronat medialny dla pociągu „Totus Tuus” przyjęła „Niedziela”.