W dniu zaplanowanego ingresu, 7 stycznia 2007 r., abp Stanisław Wielgus zrezygnował z funkcji arcybiskupa warszawskiego. Zamiast ingresu abp. Wielgusa w katedrze warszawskiej odprawiono Mszę św. dziękczynną za posługę Prymasa Polski kard. Józefa Glempa.
Mszy św. według formularza z niedzieli Chrztu Pańskiego przewodniczył kard. Józef Glemp, który został wyznaczony na administratora apostolskiego archidiecezji warszawskiej. W katedrze bardzo licznie zgromadzili się przedstawiciele Episkopatu Polski, m.in. jego przewodniczący abp Józef Michalik i kard. Stanisław Dziwisz, władze państwowe na czele z Prezydentem RP Lechem Kaczyńskim, duchowieństwo i wierni świeccy.
Na początku Eucharystii głos zabrał abp Stanisław Wielgus, który przedstawił treść listu, jaki złożył na ręce Ojca Świętego Benedykta XVI. „Po dogłębnej refleksji i ocenie mojej osobistej sytuacji, zgodnie z kan 401 par. 2 Kodeksu Prawa Kanonicznego, składam na ręce Waszej Świątobliwości rezygnację z urzędu Arcybiskupa Metropolity Warszawskiego”. Po tych słowach rozległy się w katedrze okrzyki: „Nie!”, „Hańba!” i „Zostań z nami!”.
Następnie biskup pomocniczy archidiecezji warszawskiej Marian Duś przeczytał komunikat Nuncjatury Apostolskiej, w którym abp Józef Kowalczyk poinformował, że Benedykt XVI przyjął rezygnację abp. Wielgusa.
W wygłoszonej homilii Prymas Polski kard. Józef Glemp podkreślił, że nad abp. Wielgusem odbył się sąd. „Cóż to za sąd? Na podstawie świstków, dokumentów trzeci raz odbijanych. My nie chcemy takich sądów! Jeżeli przeciw osobie ma się konkretne zarzuty, to trzeba je sformułować i ona musi się do nich ustosunkować. Nadto muszą wystąpić obrońcy, muszą być świadkowie, dokumenty muszą przejść ocenę prawidłowości, zgodności. Wszystkiego tego w osądzie Biskupa Wielgusa zabrakło. To nie był sąd” - mówił kard. Glemp. Dodał, że Kościół ma inne kwalifikacje niż kryształowa przeszłość kandydata, a Pan Jezus mianował św. Piotra głową Kościoła, mimo że ten nie był ideałem bez skazy.
W trakcie zamykania tego numeru „Niedzieli” jeszcze nie wiemy, jakie kroki poczyni Ojciec Święty. Jedyne, co wiadomo, to fakt, że kard. Glemp ponownie stanął na czele Kościoła warszawskiego, jako jego administrator apostolski.